Karena kasih sayangnya, Sultan Humayun menjodohkan Ruqaiya, yang waktu itu masih berumur sembilan tahun, dengan putranya sendiri, Akbar.
Pertunangan keduanya dilakukan di Kabul, Afghanistan, tidak lama setelah penunjukan Akbar sebagai Gubernur di Provinsi Ghazni pada tahun 1551.
Sebagai hadiah pertunangan mereka, Sultan Humayun memberikan hadiah berupa kekayaan, tentara, dan pengikut dari Hindal dan Ghazni.
Lima tahun setelah pertunangan, atau pada tahun 1556, kesultanan Mughal didera ketidakpastian karena meninggalnya Humayun.
Ruqaiya yang berada di Kabul, bergerak ke Punjab dan bergabung dengan Akbar beserta anggoa perempuan dari keluarga sultan.
Setelah itu, keduanya melangsungkan pernikahan di dekat Jalandhar, Punjab, pada tahun 1556.
Pada tahun 1556 itu pula Akbar naik takhta Kesultanan Mughal, dan Ruqaiya pun resmi menjadi permaisuri.
Mengutip buku Nur Jahan: Empress of Mughal India, sepanjang pernikahan mereka, karena Ruqaiya tidak memiliki keturunan, dia akhirnya mengasuh cucu kesayangan Akbar, Khurram, yang lahir pada tahun 1592 dan nantinya akan menjadi penguasa Mughal kelima.
Khurram adalah putra Jahangir, putra Akbar dari Mariam uz Zamani, yang dianggap membawa keberuntungan menurut tanda-tanda astrologinya.
Dengan kasih sayang Ruqaiya mengasuh Khurram hingga menginjak usia 14 tahun.
Setelah Akbar meninggal pada tahun 1605, Khurram barulah diperbolehkan kembali pada orangtuanya.
Setelah mengasuh Khurram, Ruqaiya juga mengasuh Parhez Banu Begum, putri pertama Akbar dari Kandahari Begum.