Dalam aliansi dengan panglima perang yang berbasis di Henan, Köke Temür, Biligtü Khan mengalahkan Bolad Temür di tahun berikutnya.
Perjuangan internal ini mengakibatkan semakin melemahnya kekuatan politik dan militer pemerintah pusat.
Pada tahun 1365, Toghun Temür akhirnya mempromosikan Lady Ki yang sangat dicintainya menjadi Permaisuri Pertama dan mengumumkan bahwa putranya akan menjadi yang pertama sebagai suksesinya.
Namun, situasinya tak membaik dan justru kondisi kerajaan semakin memburuk dengan munculnya pemberontakan.
Pada tahun 1367, pasukan yang dipimpin oleh Zhu Yuanzhang merebut ibu kota Yuan, Dadu (sekarang Beijing).
Kaisar Shun melarikan diri ke Yingchang (barat daya Dalinuoer di Mongolia Dalam hari ini), di mana ia meninggal karena diare pada tahun 1370.