Kurangnya kebijakan pemerintah yang efektif menyebabkan hilangnya dukungan dari masyarakat.
Pedagang garam gelap yang tidak terpengaruh oleh monopoli garam pemerintah melakukan pemberontakan pada tahun 1348, memicu banyak pemberontakan di sekitar kekaisaran.
Di antara mereka adalah Pemberontakan Sorban Merah, yang dimulai pada 1351 dan tumbuh menjadi kekacauan nasional.
Sebagian besar Kabupaten Putian dikuasai oleh pemberontak Cina.
Pada tahun 1354, ketika Toqto'a memimpin pasukan besar untuk menumpas pemberontak Sorban Merah, Toghun Temür tiba-tiba memecatnya karena takut dikhianati.
Hal ini mengakibatkan pemulihan kekuasaan Toghun Temür tetapi juga melemahnya pemerintah pusat dengan cepat.
Jadi dia tidak punya pilihan selain mengandalkan kekuatan panglima perang lokal.
Toghun Temür secara bertahap kehilangan minat dalam politik dan berhenti campur tangan dalam perjuangan politik.
Putranya Biligtü Khan, yang menjadi Putra Mahkota pada tahun 1353, berusaha merebut kekuasaan dan berkonflik dengan para pembantu Toghun Temür, yang mendominasi politik.
Selama ini kekuasaan dijalankan oleh Lady Ki. Kepala Permaisuri Lady Ki dan menterinya membujuk Biligtü Khan untuk turun takhta.
Toghon Temür tidak dapat mendamaikan perselisihan itu tetapi mengeksekusi menteri.
Pada tahun 1364, panglima perang yang berbasis di Shanxi, Bolad Temür, menduduki Khanbaliq dan mengusir Putra Mahkota dari pangkalan musim dingin.