Sejarawan telah menemukan bukti jika Ankhesenamen juga menjadi pengantin untuk ayahnya, Akhenaten.
Hal ini setelah Nefertiti meninggal, tapi sebelum ia menikah dengan Tutankhamun.
Namun ia tidak sendirian, karena sejarawan yakin jika Akhenaten mungkin telah mencoba memiliki anak dengan kakak-kakak Ankhesenamun.
Cerita-cerita di dinding makam keluarga menunjukkan kehamilan yang berakhir karena keguguran dan kematian.
Akhenaten dan dinastinya kemungkinan saat itu berada di posisi rentan.
Itulah mengapa ia merasa perlu mengamankan pewaris sebanyak mungkin.
Kesulitan mereka hampir seluruhnya karena Akhenaten.
Ia sedang di proses merombak tradisi agama Mesir dalam jalan menuju monoteisme.