Pada Mei 1948, Israel mencapai kemerdekaannya.Hampir seketika, negara baru itu diserang oleh koalisi negara-negara Arab tetangga.
Dayan mempraktekkan apa yang telah dipelajarinya dalam pertempuran di Perang Dunia Kedua.
Dia membantu Jenderal Yigael Yadin memukul mundur serangan terhadap Israel dan serangan oleh negara-negara Arab pun gagal.
Dayan tenar di negaranya sendiri pada usianya yang baru 33 tahun, dia menjadi lambang bagi orang-orang Israel agar bertahan hidup.
Dayan bertugas di komisi yang mencoba menyelesaikan pertikaian antara orang Yahudi dan orang Arab.
Antara tahun 1949 dan 1950, dia mengadakan pembicaraan rahasia dengan Raja Abdullah dari Yordania.
Namun, pada pertemuan ini, Dayan terbukti menjadi negosiator yang tangguh dan menolak untuk berkompromi.
Akibatnya, tidak ada stabilitas di Timur Tengah.
Persahabatan Dayan dengan Ben-Gurion telah mengangkatnya ke status militer/politik yang tinggi di Israel.
Sejak tahun 1953, dalam usia 38 tahun, Dayan diangkat sebagai Kepala Staf.