Alhasil PBB harus turun tangan dan membantu menyelesaikan konflik tersebut.
Pada 5 Mei 1999 kesepakatan antara Indonesia dan Portugal, untuk mengadakan referendum di Timor Timur dikenal dengan perjanjian New York terjadi.
PBB juga membentuk United Nations Mission In East Timor (Unamet) untuk mengawal kesepakatan Indonesia dan Portugal dalam referendum itu.
Hasilnya 78 orang penduduk Timor Timur memilih merdeka, dan bulan Oktober 1999 Timor Timur resmi berpisah dengan Indonesia, dan setelah merdeka namanya berganti menjadi Timor Leste.