Pada bulan Juni 2000, tiga pembajak al-Qaeda, Atta, Ziad Jarrah dan Marwan al-Shehhi, pergi ke AS untuk belajar terbang, dan disertifikasi pada bulan November tahun yang sama.
Hanya pilot pembajak keempat, Hani Hanjour, yang tiba di San Diego pada Desember 2000, menggantikan orang lain yang tidak dapat memasuki AS.
Pada Mei 2001, teroris lain tiba di Amerika Serikat untuk membantu empat pembajak di pesawat.
Pada Agustus 2001, Atta membuat reservasi di beberapa penerbangan komersial domestik di AS untuk "menjelajahi opsi serangan".
Saat itu, pagar keamanan di bandara tidak ketat. Pembajak dapat dengan mudah mengontrol kru, langsung mengambil kendali pesawat.
Atta adalah orang yang menabrakkan pesawat ke menara utara World Trade Center di New York City,
Al-Shehhi menabrakkan pesawatnya ke menara selatan WTC, Hanjour menabrakkan pesawat ke Pentagon dan Jarrah menuju Washington DC, tetapi jatuh di sebuah lapangan di Pennsylvania.
Pada tahun 2003, KSM dilacak oleh Badan Intelijen Pusat AS (CIA) di Pakistan dan menangkapnya hidup-hidup.
"Saya ingin tahu apa yang dia ketahui, saya ingin tahu secepat mungkin," kata seorang pejabat CIA saat itu.
KSM disiksa dengan "waterboarding" setidaknya 183 kali, menciptakan perasaan "tenggelam".