Dia melanjutkan untuk melawan pemerintah komunis di Kabul dan Uni Soviet saat itu, akhirnya menjadi salah satu komandan mujahidin paling berpengaruh di negara itu.
Setelah penarikan Uni Soviet pada tahun 1989, perang saudara pecah di Afghanistan, yang akhirnya dimenangkan oleh Taliban.
Namun, Massoud dan Front Persatuannya (juga dikenal sebagai Aliansi Utara) berhasil menguasai tidak hanya Lembah Panjshir tetapi hampir semua Afghanistan timur laut hingga perbatasan dengan China dan Tajikistan, sehingga melindungi wilayah tersebut dari Taliban.
Massoud juga mendukung Islam konservatif tetapi berusaha membangun institusi demokrasi dan secara pribadi percaya bahwa perempuan harus diberikan tempat yang setara dalam masyarakat.
Namun, organisasi Human Rights Watch menuduh pasukan Massoud melakukan pelanggaran HAM besar-besaran dalam pertempuran di Kabul selama perang saudara.
Pada tahun 2001, Massoud dibunuh oleh militan al-Qaeda.