Awak yang mengoperasikan drone ini terdiri dari seorang pilot.
Ia bertugas mengendalikan dan memerintahkan misi dari jarak jauh.
Lalu ada seorang awak kru, yang bertugas mengoperasikan sensor dan senjata serta koordinator misi (jika diperlukan).
Sistem dasar MQ-9 mengusung sistem penargetan multi-spektral, yang memiliki rangkaian sensor visual yang kuat untuk penargetan.
MTS-B mengintegrasikan sensor inframerah, kamera TV warna/monokrom siang hari, penunjuk laser, dan iluminator laser.
Unit ini juga dilengkapi dengan laser range finder/designator, yang secara tepat menunjuk target untuk penggunaan amunisi berpemandu laser, seperti Guided Bomb Unit-12 Paveway II.
Reaper juga dilengkapi dengan radar aperture sintetis untuk memungkinkan penargetan munisi gabungan serangan langsung gabungan GBU-38 di masa mendatang.
MQ-9 juga dapat menggunakan empat rudal yang dipandu laser, seperti Hellfire, yang memiliki tingakat kekauratan yang sangat tinggi, anti-armor dan kemampuan keterlibatan anti-personel.