Keadaan berubah ketika Soeharto berkuasa, karena kedua anak asuh TNI menjadi musuh dan Soeharto memutuskan berdamai dengan Malaysia.
Kedua pasukan diminta menurunkan senjata tapi permintaan Soeharto diabaikan.
Terpaksa TNI menertibkan aksi para gerilyawan itu.
Hendropriyono dan tim Sandi Yudha pun turun untuk bertempur di rimba Kalimantan.
Sandi Yudha atau Komando Pasukan Sandi Yudha (Kopassandha) kini dikenal dengan nama Kopassus.
Hendropriyono awalnya berupaya kurangi tindakan keras tanpa senjata.
Kopassus juga beberapa kali berhasil mencuri simpati para gerliyawan, seperti Wong Kee Chok komandan PGRS.
Namun tidak semua tunduk akhirnya senjata pun dipakai.