Pada dasarnya, materi pendidikan antiteror dan antisabotase yang diterima calon anggota Denjaka tak banyak berbeda dengan yang disuguhkan pada unit-unit antiteror lainnya di jajaran TNI.
Hanya saja ruang lingkup operasi lebih banyak berkutat di laut.
Selain metode pencapaian sasaran lewat teknik lintas udara (combat free fall) juga ditekankan penguasaan metode bawah air (combat diving) dan lintas atas air senyap. Baik dengan berenang (combat swimming) maupun memakai perahu karet.
Hal tersebut wajar mengingat pada praktiknya satuan Denjaka sedang menggabungkan ketiga macam teknik perlintasan guna mencapai sasaran yang dituju.
Alhasil, satuan elite ini bakal mengadakan program latihannya di tempat yang bermatra lautan.
Misalnya kapal penumpang yang tengah berlayar, anjungan minyak lepas pantai, atau pulau terpencil di tengah laut.
Selain penguasaan ilmu bertempur, Denjaka juga dibekali ilmu kejiwaan dan analisa situasi khusus.
Para anggota Denjaka tentu harus menguasai ilu tersebut untuk melancarkan misi yang dijalankannya.