Kelompok tersebut, dengan dukungan Al-Qaeda, melakukan pengeboman terhadap klub malam di Bali pada 12 Oktober 2002 yang menewaskan 202 orang.
Dan, serangan bom bunuh diri pada 5 Agustus 2003 di Hotel JW Marriott, Jakarta, yang menewaskan 12 orang dan melukai puluhan lainnya.
Dua terdakwa lainnya, warga negara Malaysia Mohammed Nazir bin Lep dan Mohammed Farik bin Amin.
Keduanya pembantu Hambali di Jemaah Islamiyah yang telah menjalani pelatihan oleh Al-Qaeda, menurut dokumen kasus Guantanamo.
"Tuntutan tersebut termasuk persekongkolan, pembunuhan, percobaan pembunuhan, dengan sengaja menyebabkan luka tubuh yang serius, terorisme, menyerang warga sipil, menyerang objek sipil, perusakan properti, dan aksesori setelah fakta, semuanya melanggar hukum perang," kata Pentagon dalam pernyataan Kamis (21/1/2021), seperti dikutip Channel News Asia.
Tidak jelas, mengapa setelah bertahun-tahun, dakwaan di depan pengadilan militer Guantanamo baru Pentagon umumkan pada Kamis (21/1/2021).
Pada 2016, permintaan pembebasan Hambali dari Guantanamo ditolak. Soalnya, menurut jaksa, dia masih merupakan "ancaman signifikan bagi keamanan Amerika Serikat".