Israel juga menggambarkan Rencana AMAD sebagai program senjata nuklir rahasia Iran, dan mengatakan Israel menyita sebagian besar "arsip" nuklir Iran yang merinci program tersebut.
Dalam pemaparan di televisi pada April 2018 tentang arsip tersebut, Perdana Menteri Israel Benjamin Netanyahu menyebut Fakhrizadeh sebagai tokoh terkemuka dalam program senjata nuklir rahasia yang dilakukan dengan kedok program sipil.
Mengutip arsip sebagai bukti, Netanyahu mengatakan agen Israel telah mengambil sejumlah besar dokumen dari sebuah situs di Teheran. Saat itu, Iran mengatakan dokumen itu palsu.
"Ingatlah nama itu, Fakhrizadeh," kata Netanyahu, menggambarkan Fakhrizadeh sebagai kepala AMAD.
Netanyahu mengatakan bahwa setelah AMAD ditutup, Fakhrizadeh terus bekerja di sebuah badan di dalam Kementerian Pertahanan Iran pada "proyek-proyek khusus."
Pada 2018, penyiar Israel Kan melakukan wawancara dengan mantan Perdana Menteri Ehud Olmert di mana dia mengisyaratkan Fakhrizadeh bisa menjadi target. "Saya mengenal Fakhrizadeh dengan baik. Dia tidak tahu seberapa baik saya mengenalnya. Jika saya bertemu dengannya di jalanan, kemungkinan besar saya akan mengenalinya," katanya.
"Dia tidak memiliki kekebalan, dia tidak memiliki kekebalan, dan menurut saya dia tidak akan memiliki kekebalan."