Bentrokan dua kelompok tersebut memakan korban jiwa, salah satunya tewasnya Afonso Henriques dari kelompok pro-integrasi, sementara dari kelompok pro-kemerdekaan yaitu Sebastiao Gomes.
Kemudian, setelah hasil referendum Timor Timur diumumkan, kerusuhan juga pecah, diyakini menewaskan sekitar 1.400 penduduk.
Disebut militan anti-kemerdekaan yang memulai serangan terhadap warga sipil yang kemudian meluas di seluruh Timor Leste dan berpusat di ibu kota Dili.
Bahkan, saat itu di Timor Leste, satu keluarga pun dapat memiliki pilihan yang berbeda, antara merdeka dan bergabung dengan Indonesia, dan pada akhirnya memisahkan mereka.
Keluarga Muhajir Hornai Bello, seorang pengunsi Timor Leste di Indonesia, menjadi salah satunya.
Melansir Tribun Papua (2/9/2019), Muhajir telah mengungi ke Desa Noelbaki, Kupang Tengah, Nusa Tenggara Timur (NTT) atau wilayah Timor Barat pasca referendum tahun 1999.
Ia dan beberapa anggota keluarganya tiba dan mengungsi ke wilayah Indonesia tersebut dengan menumpang kapal TNI (Tentara Nasional Indonesia).
Bukan hanya keluarga Muhajir saja, namun juga sekitar 1.000 orang pengungsi lain dari sejumlah kabupaten.