Nanggala-28 pimpinan Prabowo Subianto kemudian meluncur ke lokasi pengepungan dan langsung menghujani Lobato dan pasukannya dengan timah panas.
Adu tembak silih berganti antar kedua belah pihak, sengit, semerbak bau mesiu dimana-mana.
Sejumlah pengawal Lobato tewas, namun presiden Fretilin itu tak mau menyerah.
Ia mencoba melarikan diri bersama sisa pengawalnnya.
Namun pelariannya berhasil dicegat oleh Yon 744 Somodok pada 31 Desember 1978.
Pertempuran jarak dekat terjadi antara Yon 744 Somodok dan pasukan Lobato.
Dikutip dari buku 'Timor Timur The Untold Story' karya Kiki Syahnakri, pelarian Lobato berakhir setelah ia ditembak oleh Sertu Jacobus Maradebo, seorang prajurit ABRI asli Timor Timur tepat di dadanya.
Usai dipastikan tewas, Panglima TNI M Jusuf melapor ke Presiden Soeharto jika pentolan utama Nicolao Lobato berhasil dieliminasi.