Akibatnya, selama tiga puluh tahun terakhir ini dia telah menentang pemikiran anti-Semit dan ketidaktahuan tentang Israel dan Yudaisme.
Dia telah melakukan banyak kunjungan ke Israel, yang paling awal terjadi pada tahun 1980.
Dia juga dengan cepat menerima undangan Peres untuk mengunjungi Israel pada bulan Oktober 1994 dan kemudian pada bulan Maret 1997 untuk bergabung dengan Dewan Gubernur Pusat Perdamaian Shimon Peres.
Juga tidak mengherankan jika kritik tentang pro-Zionis oleh Amien Rais yang menjabat sebagai pemimpin Muhammadiyah, dan komentar negatif dari Menteri Luar Negeri Ali Alatas kala itu.
Yang luar biasa adalah bahwa terlepas dari kontroversi yang meletus setelah kunjungannya pada bulan Oktober 1994, Gus Dur masih terpilih untuk masa jabatan lima tahun ketiga sebagai ketua eksekutif NU hanya beberapa minggu setelah kembali dari Israel.