PKI langsung menjadi tabu di Indonesia setelah itu, berpuluh-puluh tahun rezim militer tetap ada, lakukan berbagai investigasi dan mencari antek-antek PKI yang masih bersembunyi.
Geoffrey Robinson, profesor UCLA yang meneliti horornya abad 20 di Indonesia, menuangkan hasil penelitiannya dalam buku "The Killing Season: A History of the Indonesian Massacres, 1965-66," yang isinya ceritakan militer Indonesia mengarahkan pembunuhan dan hukuman massal lewat unit komando yang sengaja dibuat untuk alasan tertentu.
Robinson temukan dokumen yang tunjukkan operasi pembantaian massal tersebut memang disusun dengan sangat berhati-hati. Ia tuliskan jika militer mengkampanyekan instruksi untuk penghancuran total PKI dan pendukung mereka.
Ia juga tuliskan bahwa sebagian besar orang yang dibunuh awalnya ditahan untuk interogasi, seringnya karena nama mereka muncul dalam daftar yang disiapkan oleh militer sendiri.
Para tahanan diinterogasi dan disiksa sangat hebat, setelah itu tahanan dibagi menjadi tiga kategori berdarkan keterlibatan mereka dalam G30SPKI.
Beberapa dipindahkan ke koloni hukuman, fasilitas penahanan dan kamp konsentrasi di bawah komando militer, sedangkan lainnya dieksekusi.
Korban yang dieksekusi dibawa dengan kendaraan militer ke situs pembunuhan atau diberikan kepada algojo atau militan anti komunis.
Diikat dan ditutup matanya, para tawanan ditembak di tepi lubang pembunuhan lalu langsung dikubur begitu saja, atau ada juga yang dimutilasi dengan belati dan pisau.