Hubungan RI dan AS pun menjadi sangat buruk Namun demikian tidak ada kata menyerah bagi para agen CIA dalam upaya menyingkirkan Soekarno mengingat Indonesia dari hari ke hari makin lengket dengan Soviet terutama saat muncul konflik mengenti status Irian Barat dengan Pemerintah Belanda.
Ketika Indonesia sedang berkonfrontasi dengan Belanda untuk memperebutkan Irian Barat (1962-1963),akibat hubungan buruk dengan AS, demi mendapatkan persenjataan, Pemerintah RI pun memilih Soviet.
Pada era itu Pemerintah RI banyak sekali membeli persenjataan dari Uni Soviet sehingga membuat AS makin khawatir.
Agen-agen CIA pun terus disebarkan untuk melaksanakan monitoring menggunakan pesawar pengintai U-2 dan telah berkali-kali terbang di atas Jakarta.
Berkat hasil intelijen CIA itu, militer Belanda kemudian memutuskan untuk tidak memilih opsi militer dalam penyelesaian Irian Barat, mengingat persenjataan yang dimiliki RI saat itu demikian mutakhir, salah satunya adalah pesawat pengebom antikapal induk, TU-16.
Pada saat itu Pemerintah AS atas informasi CIA lebih memilih membujuk Belanda agar segera menyerahkan Irian Barat daripada harus menggunakan cara militer tapi AS tak bisa membantu mengingat pasukan AS yang sedang bertempur di Vietnam sedang keteter.
Sebagai sekutu AS, Belanda sebenarnya kecewa atas keputusan AS itu dan menganggap operasi CIA telah menggagalkan upaya militer Belanda yang ingin tetap mempertahankan Irian Barat melalui operasi militer.
Sebenarnya tidak hanya pihak Belanda yang kecewa. Pemerintah Soviet sendiri yang ingin melihat langsung keampuhan persenjataannya ketika digunakan oleh pasukan RI melawan pasukan Belanda juga turut kecewa.