Soeharto sempat dicemooh ketika menggunakan pasukan terbaiknya dari RPKAD, PGT dan RAIDER PARA sebagai infiltrant.
Namun ia berkeras dan sekali lagi menegaskan bahwa pasukan khusus tersebut bisa bertempur dalam kondisi ektrem dan mengikat pasukan musuh untuk waktu lama di tempat-tempat yang terpisah.
Soeharto sebenarnya pernah diperintahkan utuk mengebom sebuah kapal Belanda demi sebuah misi politik oleh Mohammad Yamin dann Presiden Soekarno.
Namun Soeharto menolak karena hal itu bisa meningkatkan kewaspadaan Belanda dan membuat siasat perangnya kocar-kacir.
Kemugkinan besar kapal perang yang menjadi target untuk ditenggelamkan adalah kapal induk HNLMS Karel Doorman.
Pesawat khusus untuk menghantam Karel Doorman, yakni enam Tu-16/KS memang telah disiapkan.
Tapi selama melaksanakan terbang patroli, pesawat-pesawat tempur pengintai AURI belum pernah menemukan Karel Doorman saat berlayar hingga konflik Irian Barat usai.
Akibatnya armada Tu-16/KS pun gagal menenggelamkan Karel Doorman.
Sebagai pukulan penutup, Soeharto menyiapkan operasi amfibi gabungan yang diberi nama Operasi Djajawidjaja.