TPNPB dibentuk pada 26 Maret 1973, setelah Proklamasi Kemerdekaan Papua Barat 1 Juli 1971.
Pembentukan TPNPB berdasarkan Konstitusi Sementara Republik Papua Barat yang ditetapkan 1971 pada Bab V bagian Pertahanan dan Keamanan.
Sejak 2012 Goliath Tabuni diangkat menjadi Panglima Tinggi Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat.
Beberapa komandan regional mereka yang terkenal pada era sebelumnya adalah Mathias Wenda untuk wilayah II (Jayapura – Wamena), Kelly Kwalik untuk Nemangkawi (Kabupaten Fakfak), Tadeus Yogi (Kabupaten Paniai), Bernardus Mawen untuk wilayah Maroke, dll.Kelly Kwalik sendiri ditembak dan terbunuh pada 16 Desember 2009.
Saat ini Egianus Kogoya mengomandani para pemberontak di kawasan Kabupaten Nduga dan sekitarnya.
Baca Juga : Ada di Tengah Hutan Papua, Begitu Canggih dan Mewahnya Kota Kuala Kencana Milik PT Freeport