Ia dituduh sebagai penyihir. Hypatia sempat melawan dan berteriak, tapi tak seorang pun berani menolongnya. Para biarawan tersebut menyeretnya ke gereja Cessario dan memukulinya dengan genteng.
Hypatia juga dicongkel biji matanya dan dipotong lidahnya. Tak berhenti sampai di situ, jenazah Hypatia diseret ke tempat bernama Cinarus dan dimutilasi.
Para biarawan itu mengeluarkan organ-organ dalamnya, tulang-belulangnya, dan membakar sisa-sisa bagian tubuhnya di atas api unggun.
“Niat mereka semata-mata ingin memusnahkan secara total segala yang dilambangkan oleh Hypatia sebagai seorang pereman,” tulis Baez tentang Hypatia, perempuan pertama dalam sejarah yang dibunuh karena melakukan penelitian ilmiah.
(Baca juga: Duh, Membaca Sesuatu dari Layar Ponsel, Tablet, atau Komputer Sebelum Tidur Mungkin Bisa Membunuh Kita)