Lincahnya penyamaran Eli, menjadikan dirinya sulit terdeteksi dan dicurigai banyak pihak.
Aksi Eli Cohen di Mesir berlangsung hingga tahun 1956 saat kampanye pemilu di Sinai tahun 1956 dilaksanakan.
Pada Desember 1956, melalui kompromi tiga negara, Israel, Inggris dan Perancis, Eli Cohen diekstradisi keluar dari Mesir.
Eli terbilang untung, ia masih mendapatkan perlindungan. Bandingkan dengan teman-temannya yang tertangkap dan dihukum gantung.
Atas bantuan agen-agen intelijen Israel, Eli selanjutnya menyebrangi Laut Tengah menuju Israel menuju Naples menggunakan perahu cepat.
Di Israel pemuda Eli Cohen kemudian menikahi Nadia Maiald, seorang wanita keturunan Irak pada 31 Agustus 1959.
Setelah itu Eli dipanggil secara khusus oleh dinas Mossad untuk menjalani pendidikan khusus di Angkatan Udara Israel sebagai juru tulis di bagian logistik.
Lebih dari itu Eli dibekali pendidikan khusus intelijen seperti teknik mengemudi super cepat, sabotase, menembak dengan senjata tajam khusus, penyamaran, meloloskan diri, dan sebagainya.
Eli direkrut Mossad juga bukan tanpa pertimbangan. Ia dinilai punya IQ sangat tinggi, berdaya ingat kuat, menguasai tiga bahasa, Inggris, Perancis dan Arab.
Yang paling penting ia tidak ember atau gampang membocorkan rahasia.
Cohen juga punya kemauan dan daya juang kelas baja, walaupun tampilan luarnya tampak sangat rendah hati dan sederhana.
Usai mengikuti pendidikan khusus dan keras di Mossad, ia dikirim ke Buenos Aires, Argentina.