Sang kakek kemudian wafat pada 1651.
Dengan begitu, dia pun resmi naik takhta menjadi raja Banten ke-6 dengan gelar Sultan Abdul Fattah Al-Mafaqih.
Dari istri-istrinya, Sultan Ageng Tirtayasa memiliki 18 orang anak.
Putranya yang terkenal adalah Sultan Abu Nashar Abdulqahar atau Sultan Haji dan Pangeran Purabaya.
Menjelang akhir pemerintahannya, Sultan Ageng Tirtayasa berselisih dengan Sultan Haji hingga memaksanya meninggalkan takhta dan mundur ke dusun Tirtayasa yang terletak di Kabupaten Serang.
Nama Sultan Ageng Tirtayasa dikenal setelah dirinya mendirikan keraton baru di tempat tersebut.
Seperti disebut di awal, ketika Sultan Ageng Tirtayasa memerintah, Banten mengalami perkembangan yang cukup pesat.
Berikut ini beberapa hal yang dilakukannya untuk memajukan Kesultanan Banten.
1. Memajukan wilayah perdagangan Banten hingga ke bagian selatan Pulau Sumatera dan Kalimantan
2. Banten dijadikan tempat perdagangan internasional yang memertemukan pedagang lokal dengan pedagang Eropa
3. Memajukan pendidikan dan kebudayaan Islam
4. Melakukan modernisasi bangunan keraton dengan bantuan arsitektur Lucas Cardeel