Akibat pendudukan Jepang di bidang pendidikan, perguruan tinggi mengalami kemunduran dan banyak yang ditutup pada 1943.
Hanya beberapa perguruan tinggi yang dibuka antara lain:
1. Perguruan Tinggi Kedokteran (Ika Daigaku) di Jakarta
2. Perguruan Tinggi Teknik (Kogyo Daigaku) di Bandung
Selain itu, Jepang membuka Akademi Pamong Praja (Konkoku Gakuin) di Jakarta dan Perguruan Tinggi Hewan di Bogor.
Organisasi militer
Para pelajar dianjurkan untuk masuk organisasi militer seperti Heiho (sebagai pembantu prajurit), Seinendan, dan Keibodan (pembantu polisi).
Para pelajar dilatih baris berbaris dan perang meski hanya menggunakan senjata kayu.
Para pelajar juga dijadikan Shuishintai atau barisan pelopor yang mendapatkan pelatihan yang berat.
Latihan militer yang dianjurkan pemerintah Jepang kelak akan berguna bagi bangsa Indonesia.
Dampak positif pendudukan Jepang bidang pendidikan Keuntungan pada masa pendudukan Jepang di bidang pendidikan adalah penggunaan bahasa Indonesia sebagai bahasa pengantar.