Setelah itu, dia terus memerintah sebagai wali untuk putranya yang masih kecil Mehmed IV.
Sepuluh hari setelah pencopotan Ibrahim, Wazir Agung Mehmed Pasha yang baru ditempatkan mengajukan petisi kepada Syekh al-Islam Abdürrahim Efendi untuk fatwa yang mendukung eksekusi Ibrahim.
Itu dikabulkan, dengan pesan, "Jika ada dua khalifah, bunuh salah satu dari mereka."
Kosem mengartikulasikan fakta bahwa hanya dia yang bisa membuat keputusan akhir apakah sultan hidup atau mati.
Dia berseru, "Mereka mengatakan putra saya Ibrahim tidak cocok untuk kesultanan. Saya berkata 'lengserkan dia.' Mereka mengatakan kehadirannya berbahaya, saya berkata 'biarkan dia disingkirkan', lalu saya katakan 'biarkan dia dieksekusi.' Jika ada yang berada di bawah perlindungan saya, itu adalah anak saya."
Sejauh mana Kosem terlibat dalam eksekusi Ibrahim selalu menjadi sumber perdebatan.
Joseph von Hammer-Purgstall, seorang sejarawan Austria, mendukungnya dan percaya bahwa dia dimotivasi oleh kepedulian terhadap negara sejauh dia terlibat.
Namun demikian, dia terpaksa memberikan persetujuannya atas eksekusi Ibrahim .
Sebagai pejabat mengawasi dari jendela istana, Ibrahim dicekik pada tanggal 18 Agustus 1648.
Kematiannya adalah pembunuhan kedua dalam sejarah Kekaisaran Ottoman.
Sudah menjadi kebiasaan Utsmani yang taat bahwa setelah naiknya sultan baru, ibu dari sultan lama akan pensiun ke Istana dan menyerahkan jabatannya.
Kosem sendiri meminta untuk mengundurkan diri dari politik, tetapi permintaannya ditolak oleh para pemimpin politik dan agama yang mencopot Ibrahim.
Memaksanya untuk mempertimbangkan kembali keputusannya dan melanjutkan karirnya sebagai bupati Mehmed karena dia memiliki lebih banyak keahlian dan pengetahuan tentang pemerintahan.