Maka dilakukanlah pengintaian laut yang dilaksanakan KS KRI Nagabanda di Indonesia bagian timur yang berdekatan dengan Australia.
Hal itu dilakukan untuk berjaga-jaga jikalau konfrontasi berubah jadi perang terbuka dan Australia memutuskan ikut terjun dalam kancah peperangan membantu Malaysia maka pihak TNI AL sudah dapat mencegat pergerakan kapal-kapal perang Australia.
KRI Nagabanda kemudian meninggalkan Naval Base Surabaya menuju Kupang.
Sesampainya di Timor, KS kemudian lego jangkar sehari disana untuk menambah logistik segar.
Sesudahnya KS Nagabanda segera angkat sauh dan berlayar di Samudera Indonesia, melakukan misi patroli serta pengintaian.
KRI Nagabanda kemudian menyusup diam-diam ke perairan negara Australia yang jaraknya hanya 50 mil (80 km) dari kota Perth bagian sebelah barat.
Setelah sampai disana udara menjadi terasa sangat dingin bagi awak KS KRI Nagabanda karena Australia berdekatan dengan kutub selatan.